针对不同的购进主体，一般纳税人购进农产品可抵扣进项税额计算如下：购入农业生产者销售的免税农产品，取得或开具收购发票，一般情况计算抵扣9%（发票买价×9%），深加工13%产品计算抵扣10%（发票买价×10%）。例1：从果农处购入其自产的水果一批（免税农产品），取得收购发票注明买价 10000 元。
购进免税农产品抵扣进项税的方式主要是根据税法规定，通过合法的发票和凭证，将购进免税农产品的金额从应纳税额中予以扣除。免税农产品的认定 免税农产品是指按照国家规定，在生产和销售环节免征增值税的农产品。这些农产品通常包括种植业、养殖业和林业等生产领域的部分产品。
购进免税农产品可以抵扣进项税。根据相关规定可得：购进农产品，除了取得增值税专用发票或者海关进口增值税专用缴款书之外，按照农产品收购发票或者销售发票上注明的农产品买价及13%额扣除率计算的进项税额。进项税额计算公式为进项税额=买权价×扣除率。
从按照简易计税方法依照3%征收率计算缴纳增值税的小规模纳税人取得增值税专用发票的，以增值税专用发票上注明的金额和9%的扣除率计算进项税额；取得（开具）农产品销售发票或收购发票的，以农产品销售发票或收购发票上注明的农产品买价和9%的扣除率计算进项税额。现阶段可以加计抵扣1%。
投入产出法：当期允许抵扣的农产品增值税进项税额=当期农产品耗用数量乘以农产品平均购买单价乘以扣除率/（1加扣除率）； 成本法：当期允许抵扣的农产品增值税进项税额=当期主营业务成本乘以农产品耗用率乘以扣除率/（1加扣除率）。
在购入当期，应遵从农产品抵扣的一般规定，按照9%计算抵扣进项税额。用于生产或者委托加工13%税率货物的农产品，按照10%的扣除率计算进项税额。从小规模纳税人处购进取得增值税专用发票 用于初加工，以增值税专用发票上注明的金额和9%的扣除率计算进项税额。
其计算公式为，进项税额=发票上注明的金额*扣除率。比如，某农产品初加工企业，9月份向增值税小规模纳税人企业购进农产品一批，金额为50万元，增值税税额为5万元。计算该批购进农产品可以抵扣的进项税额。进项税额=50万元*9%=5万元。
购进农产品用于深加工，生产高税率商品则扣除率为10%，如果用于普通加工或者直接销售则适用9%的扣除率。而一般纳税人购进货物并不能确定最终的用途，所以在当月抵扣进项时按照9%的扣除率，如果未来这批材料用于生产13%的货物再抵扣1%。
二是如果纳税人购进农产品用于生产或者委托加工13%税率货物的，按照10%的扣除率计算进项税额。
农产品（增值税）税率9%还是10%是需要根据销售情况而定的，农产品本身的税率是9%。也就是纳税人直接销售农产品，按照9%来计算销项税，同时按9%作为扣除率计算可以抵扣的进项税。如果纳税人购进农产品不是直接出售，而是用于生产或者委托加工13%税率货物的农产品，按照10%的扣除率计算进项税额。
